Es uno de los más importantes collados o pasos de la cordillera de los Andes, une los sectores centro-norte de la República Argentina y República de Chile. El punto más elevado de este paso está a una altitud de 4.748 msnm. El Paso de San Francisco une por el este a la provincia argentina de Catamarca con la chilena III Región de Atacama por el oeste, siendo así uno de los nexos de unión entre el Norte Grande chileno y el Norte Grande argentino.

La ruta nacional argentina RN 60 bien asfaltada y señalizada asciende por el valle de Chaschuil encajonada en un profundo valle longitudinal delimitado por montañas que casi siempre superan los 5.000 msnm, al oeste de la ruta nacional 60 se encuentra la extrañamente bella Salina de la Laguna Verde y la Laguna Verde argentina, el acceso al extenso Paso de San Francisco desde el lado argentino comienza en el puesto de gendarmería ubicado en Las Grutas en el centro de las llamadas Vegas de San Francisco, zona que como la palabra "vega" lo indica es un pequeño valle bastante húmedo y fértil, desde Las Grutas hasta el límite entre los estados argentino y chileno existe un sinuoso recorrido de 45 Km. que atraviesa regiones despobladas en donde las montañas se hacen cada vez más majestuosas.
Al atravesar el límite la ruta cambia de nombre y es la chilena Ruta CH-31, a poco de la salida occidental del paso se encuentra la Laguna Verde chilena y un desvío hace posible aproximarse al Parque Nacional Nevado Tres Cruces.

La parte más elevada del paso se encuentra flanqueada al norte por el cerro Falso Azufre de 5.906 msnm, al sur por el volcán San Francisco que posee 6.018 msnm. Toda la zona en torno a este paso está rodeada por impresionantes volcanes apagados y con sus cimas nevadas destacándose el Nevado Incahuasi con 6.638 msnm y el Dos Conos, Nevado Ojos del Salado (6.879 msnm), cerro Tres Cruces (6.749 msnm) ó El Muerto (6.488 msnm) entre varios otros